در آیین نامه اجرایی، هرساله تقریبا مواد ذیل لحاظ می‌گردد:

میزان اوراق قابل انتشار (‌بر اساس مفاد تبصره قانونی مورد اشاره)

نام برخی از طرح ها و درصدی از مبلغ اوراق که در طرح های نامبرده هزینه خواهد گردید.

تعیین عاملیت اوراق و اجازه تفویض عاملیت به سایرین

مدت مشارکت و نرخ سود پرداختی به دارندگان

شمول یا عدم شمول مالیات بر سود پرداختی

ارائه تضمین در خصوص پیش‌بینی و تخصیص منابع مبالغ مربوط به: سود پرداختی، هزینه های جانبی، سود قطعی و… در قوانین بودجه سنواتی کل کشور.

چگونگی امحاء اوراق فروش نرفته

پس از ابلاغ آیین نامه اجرایی، گردش کار و روش های اجرایی مربوطه را می توان به چهار مرحله به شرح ذیل تقسیم نمود:

مرحله اول: شروع مشارکت

مرحله دوم: دوران مشارکت

مرحله سوم: پایان مشارکت

مرحله چهارم: تعیین سود قطعی و تسویه نهایی(حقیقت ۱۳۷۸)

مرحله اول: شروع مشارکت

در این مرحله، بررسی های لازم انجام می‌گیرد و اقداماتی در خصوص انتشار و عرضه اوراق به عمل می‌آید که مشروح آن به قرار زیر است: بانک مرکزی به عنوان عامل اصلی اوراق، نسبت به تعیین تاریخ انتشار و عرضه، تعداد مرحله فروش و سهمیه بانک های عامل، با توجه به تجربیات حاصله و امکانات هر بانک اقدام و ماحصل بررسی ها و اقدامات به وزارت امور اقتصاد و دارایی (به نمایندگی از سوی دولت) منعکس می‌گردد. وزارت امور اقتصادی و دارای نیز نسبت به چاپ و تحویل اوراق به بانک مرکزی (بانک های عامل) اقدام می کند. متعاقباً در تاریخ های تعیین شده، اوراق دولت طی یک مهلت (قاعدتاً ده روز) به عموم عرضه می‌گردد(حقیقت ۱۳۷۸).

مرحله دوم: دوران مشارکت

در این مرحله، وجوه ناشی از فروش اوراق به خزانه داری کل واریز می‌گردد. پس از پایان مهلت تعیین شده، وجوه حاصل از فروش اوراق دولت از سوی بانک های عامل، به حساب خزانه واریز می‌گردد. در این مرحله چنان چه اوراقی در مهلت تعیین شده باقی مانده و به فروش نرسیده باشد، مجدداً و صرفا با این تفاوت که سود دوران گذشته نیز قابل احتساب و اخذ از مشتری باشد به عموم (تحت عنوان فروش تدریجی) عرضه می‌گردد. ضمن اینکه این مرحله که طولانی ترین مرحله از لحاظ بعد زمانی می‌باشد، مشکلات خاص خود را دارا می‌باشد. در این مرحله، بانک های عامل نسبت به خریدار اوراق که یکی از امتیازات اصلی طرح های عمرانی-انتفاعی دولت می‌باشد، اقدام می نمایند(حقیقت ۱۳۷۸).

مرحله سوم: خاتمه مشارکت

در این مرحله، وجوه بابت سرمایه گذاری در طرح در سر رسیدهای تعیین شده به دارنده اوراق مسترد می‌گردد. پس از دوران مشارکت و پرداخت سود در مقاطع تعیین شده، در سر رسید نهایی، مبلغ اسمی اوراق به همراه آخرین کوپن سود به دارندگان اوراق پرداخت و اوراق به بانک عامل مسترد می‌گردد. لازم به ذکر است که پس از خاتمه مشارکت (سررسید نهایی) هیچ گونه سودی به دارندگان که اصل وجه خود را دریافت ننموده اند، تعلق نمی گیرد(حقیقت ۱۳۷۸).

مرحله چهارم: تعیین سود قطعی و تسویه نهایی

در این مرحله، سود قطعی طرح تعیین و تسویه نهایی با دارندگان اوراق انجام می شود. پس از سررسید نهایی، امین طرح که وظایف آن به مسئولیت سازمان مدیریت و برنامه ریزی کشور انجام می شود، ‌در مورد تعیین سود قطعی طرح اظهار نظر می کند در صورت وجود سود قطعی، مراتب طی اعلامیه ای به دارندگان اوراق منعکس و از طریق بانک های عامل به آن پرداخت می‌گردد. ‌بر اساس مفاد آیین نامه اجرایی، حداکثر زمان برای پرداخت سود قطعی به دارندگان، ۶ ماه می‌باشد. ‌در مورد انتشار اوراق طرح های غیر بودجه ای روش انجام مراحل به صورت زیر می‌باشد. ‌در مورد این قبیل طرح ها، در ابتدا گزارش توجیه فنی-اقتصادی و مالی طرح های مذکور به بانک عامل ارائه می‌گردد. بانک عامل با توجه به وضعیت مالی و سوابق اعتباری ناشر، شرایط انتشار اوراق مشارکت، سقف اوراق مشارکت قابل انتشار سالانه، سهم الشرکه ناشر در طرح (اعم از آورده نقدی و غیر نقدی) و… بررسی های لازم را به عمل آورده و در صورت موافقت با عاملیت نظر نهایی خود را به بانک مرکزی منعکس می کند. لازم به ذکر است که ‌بر اساس تبصره ۱ ذیل ماده ۵ آیین نامه اجرایی، مدت رسیدگی گزارش طرح های غیر دولتی توسط بانک عامل حداکثر یک ماه می‌باشد. سپس بانک مرکزی با توجه به موافقت عامل، مبنی بر تصدی عاملیت اوراق ناشر، و سایر متغیرهای اقتصادی و مالی، بررسی مجددی را انجام و در نهایت در صورت موافقت، مراتب به ناشر جهت اقدام لازم منعکس می‌گردد. در این روش نیز مشابه روش قبلی، پس از ابلاغ مجوز از سوی بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران گردش کار و روش اجرایی را می توان به چهار مرحله تقسیم نمود:

مرحله اول: اقدامات پس از کسب مجوز تا قبل از فروش

مرحله دوم: شروع مشارکت، فروش و عرضه اوراق و اقدامات تبعی آن

مرحله سوم: دوران مشارکت، تعیین امین و پرداخت سود و نهایتاً تسویه حساب با دارندگان اوراق در سر رسید

مرحله چهارم: تعیین و اعلام سود قطعی طرح از سوی امین منتخب بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران و تسویه نهایی با دارندگان اوراق و اقدام در خصوص امحاء اوراق و کوپن های مربوطه.

مرحله اول: اقدامات پس از کسب مجوز تا قبل از فروش

پس از ابلاغ مجوز بانک مرکزی به ناشر و بانک عامل، ناشر نسبت به طراحی اوراق، تهیه متن آگهی عرضه و فروش اوراق، انعقاد قرارداد عاملیت با بانک عامل، ترهین اموال و دارایی ها نزد بانک عامل و… اقدام می کند. پس از تأیید بانک عامل در خصوص طرح اوراق و متن آگهی، مراتب به منظور تأیید نهایی به بانک مرکزی منعکس می‌گردد. بانک مذکور نیز پس از بررسی طرح اوراق و همچنین مفاد ظهر ورقه مشارکت که از اهمیت خاصی برخوردار می‌باشد، مراتب تأیید خود را به ناشر اطلاع می‌دهد. ناشر پس از تأیید نهایی نسبت به چاپ آگهی در روزنامه های کثیرالانتشار و همچنین چاپ اوراق به میزان مجوز صادره از سوی بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران اقدام لازم به عمل می آورد. لازم به ذکر است که بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران به منظور حصول اطمینان از بازپرداخت اصل اوراق مشارکت در سر رسید، به تشخیص خود، ناشر را ملزم به تامین تضمین های لازم نزد عامل می کند(حقیقت ۱۳۷۸).

مرحله دوم: شروع مشارکت