البته در اعمال برخی از قواعد بین سیستم‌ دادرسی اسلامی و سایر نظام‌های دادرسی تفاوت‌هایی وجود دارد که ذیلاً به اهم آن ها اشاره خواهد شد.

بنداول: عزل و نصب قاضی

آنچه در مقررات اسلامی در این خصوص پیش‌بینی شده مسلماًً متفاوت با دیگر سیستم‌های دادرسی است برای نصب و استخدام قاضی برخی از شرایط عمومی هم در نظام دادرسی اسلامی و هم در سیستم‌های دادرسی اتهامی، تفتیشی و مختلط در کشورهای دیگر وجود دارد. مانند عدم اشتهار به فساد اخلاقی و نداشتن محکومیت کیفری مؤثری، داشتن مدرک لیسانس حقوق و غیره. اما برخی از خصوصیات در نظام دادرسی اسلامی برای نصب قاضی الزامی است. در شرع مقدس اسلام برخی از فقها حدود ۲۷ شرط را برای قاضی برشمرده‌اند که داشتن ۱۲ شرط را واجب و ۱۵ شرط را مستحب دانسته‌اند.^[۳۱]

قانون‌گذار برخی از شرایط واجب را برهمین اساس برای کسی که متقاضی امر قضاوت در کشور ما می‌باشد، الزامی دانسته است. مانند داشتن عدالت و دارا بودن مدرک لیسانس حقوق و غیره که اگر قاضی این ها را در ابتدا نداشته باشد و یا برخی از آن ها را بعد از استخدام از دست بدهد، فاقد صلاحیت برای امر قضاء خواهد شد. برخی از این شرایط در نظام‌های دیگر، مدنظر قرار نگرفته است، مثل شرط عدالت یا دارا بودن درجه اجتهاد، ‌بنابرین‏ ملاحظه می‌شود که تفاوت‌هایی میان نظام دادرسی اسلامی با دیگر نظام‌های دادرسی کیفری وجود دارد.

بند دوم: یک مرحله‌ای بودن دادرسی

‌بر اساس قاعده کلی و اصل اولیه در نظام دادرسی اسلامی، حکمی که از سوی قاضی بدوی صادر می‌شود، قطعی است. البته این در صورتی است که قاضی همه شرایط قضاوت که مهمترین آن ها شرط اجتهاد و عدالت است را دارا باشد، در این صورت تجدیدنظر و بازبینی نسبت به همان موضوعی که از سوی قاضی اظهارنظر شده و حکمش صادر گردیده امکان‌پذیر نمی‌باشد. مگر در موارد بسیار نادری که از نظر قواعد فقهی قابل تجدیدنظر باشد. البته قانون‌گذار ایران پس از انقلاب ‌بر اساس شرایط روز و مصالح عامه از این اصل اولیه عدول ‌کرده‌است. برای اولین بار در سال ۱۳۶۲ در موارد۲۸۴ و ۲۸۴ مکرر قانون اصلاح پاره‌ای از مقررات آیین دادرسی کیفری و آیین اجرایی آن موارد سه‌گانه فقهی را جهت اعتراض به احکام صادره از سوی مراجع بدوی پیش‌بینی کرده بود. موارد مذکور در اصلاحات بعدی نیز ملحوظ نظر قانون‌گذار قرار گرفته است.

برعکس در نظام‌های دادرسی اتهامی، تفتیشی و مختلط، در حال حاضر اصل بر چند مرحله‌ای بودن دادرسی است ‌به این ترتیب که حکم صادره از دادگاه بدوی قابل تجدیدنظر در دادگاه بالاتر است که در اصطلاح دادرسی کیفری پژوهش‌خواهی، استیناف یا تجدیدنظرخواهی نامیده می‌شود.در جرایم سنگین مانند جرایم جنایی، یک مرحله دیگر نیز برای تجدیدنظر از طریق شعب دیوان عالی کشور وجود دارد (که در اصطلاح دادرسی کیفری فرجام‌خواهی نامیده می‌شود). لازم به ذکر است احکامی که در دادگاه بدوی صادر می‌شود و در مواردی تا سقف مشخصی قطعی است ولی خارج از این سقف قابل تجدیدنظر از طریق دادگاه بالاتر است.^[۳۲]

بند سوم: اصل وحدت قاضی

در دادرسی اسلامی، در قضاوت و صدور رأی، اصل تعدد قاضی پذیرفته نشده است و اگر قاضی صالح به رسیدگی باشد، جلسات دادرسی با حضور وی رسمیت پیدا می‌کند. اجرای این اصل نیز مقید به وجود شرایط در قاضی از قبیل شرایط اجتهاد و شرط عدالت به مفهوم فقهی و شرعی آن می‌باشد.

در نظام دادرسی کیفری بعد از انقلاب در مرحله دادرسی بدوی تا سال ۱۳۷۳ همین اصل وحدت قاضی حاکم بود. حتی در قانون تشکیل دادگاه‌های عمومی و انقلاب مصوب ۱۳۷۳، در مرحله بدوی همین اصل رعایت شده است. اما در مرحله بعدی یعنی مرحله اعتراض به احکام کیفری در مرجع جدید بنام «دادگاه‌های تجدیدنظر استان» قانون‌گذار از اصل اولیه وحدت قاضی در قضاوت عدول کرده و تعدد قاضی را پذیرفته است. بدین توضیح که هر شعبه دادگاه تجدیدنظر از سه قاضی تشکیل می‌شود.^[۳۳]

آنچه که در حال حاضر ملاک عمل می‌باشد، این است که اصل وحدت قاضی در دادگاه‌های عمومی، انقلاب و نظامی که در مرحله بدوی پذیرفته شده و در مرحله تجدیدنظرخواهی از این اصل فقهی عدول شده و در دادگاه تجدیدنظر استان و شعبه دیوان عالی کشور از اصل تعدد قاضی پیروی شده است. همچنین در مرحله بدوی در رسیدگی به جرایم سنگینی که مجازات قصاص، اعدام رجم و… دارد، دادگاه کیفری یک و دادگاه انقلاب از ۳ قاضی تشکیل می‌شود

در حالی که در نظام‌های دادرسی عرفی (اتهامی، تفتیشی، مختلط) در اغلب موارد حتی در دادگاه‌ بدوی تعدد قضات (سه تا پنج قاضی) و در برخی کشورها، حتی تا هفت قاضی پذیرفته شده است. شایان ذکر است که در ق.ا.د.ک جدید در بخش سوم این قانون با عنوان دادگاه‌های کیفری، رسیدگی و صدور رأی اصل تعدد قضات در دادگاه های کیفری یک، نظامی، انقلاب، اطفال و نوجوانان طبق ماده ۲۹۴ و دیگر مواد این بخش پذیرفته شده است.

گفتار پنجم: اصول حاکم بر دادرسی کیفری

در این قسمت از پژوهش به برخی از اصول اساسی دادرسی عادلانه مطابق قانون آیین دارسی کیفری اشاره خواهیم کرد این اصول عبارنتد از:

• اصل برائت:

ماده­۴– «اصل، برائت است. هر گونه اقدام ‌محدود کننده، سالب آزادی و ورود به حریم خصوصی اشخاص جز به حکم قانون و با رعایت مقررات و تحت نظارت مقام قضایی مجاز نیست و در هر صورت این اقدامات نباید به گونه‌ای اعمال شود که به کرامت و حقیقت اشخاص آسیب‌ وارد کند.»

ماده فوق ناظر بر جنبه قضایی اصل برائت است. اصل برائت که یکی از اصول اساسی حقوق کیفری است هم در بعد تقنینی و هم در بعد قضایی، آثار و مقتضیاتی دارد. در بعد تقنینی اصل برائت مقتضی آن است که هیچ عمل جرم محسوب نشود، مگر اینکه قانون‌گذار آن را جرم شناخته و برای آن مجازات تعیین نموده باشد. در بعد قضایی، اصل برائت مقتضی آن است که شخصی که به عنوان متهم در یک دعوای عمومی تحت تعقیب قرار گرفته است، تا زمان صدور حکم محکومیت قطعی، بی‌گناه فرض شود و اوضاع و احوالی مانند متواری بودن یا سابقه محکومیت کیفری، سبب شکل‌گیری اعتقاد به مجرمیت او نگردد، بلکه او به عنوان «یک فرد ناکرده بزه» تلقی، و اقدامات لازم برای جمع‌ آوری دلایل له یا علیه او توسط مرجع قضایی صالح و بر طبق مقررات صورت گیرد که توسط قانون‌گذار تعیین شده است.

• اصل دادرسی توسط مقامی‌ بی‌طرف:

ماده ۳– «مراجع قضایی باید با بی‌طرفی و استقلال کامل به اتهام انتسابی به اشخاص در کوتاه‌ترین مهلت ممکن، رسیدگی و تصمیم مقتضی اتخاذ نمایند و از هر اقدامی که باعث ایجاد اختلال یا طولانی شدن فرایند دادرسی کیفری می‌شود، جلوگیری کنند.»

۱-سه ویژگی فوق، یعنی بی‌طرفی، استقلال و رسیدگی در کوتاه‌ترین مهلت ممکن، از شاخص‌ها یا مؤلفه‌های دادرسی منصفانه به شمار می‌روند. بی‌طرفی وصفی ذهنی و به معنای عدم تمایل مرجع قضایی به یک طرف دعوی است جانبداری در رفتار یا حتی گفتار، ناقص بی‌طرفی بوده و منجر به اتخاذ تصمیمی ناعادلانه می‌گردد.