مسأله قابل ذکر دیگر جدا بودن تشکیلات نیروی انتظامی از دادگستری است که موجب شده تعداد بسیار کمی از پرسنل نیروی انتظامی تکالیف ضابطیت را انجام دهند و عملاً بسیاری از قسمت های ناجا خود را خارج از ضابطان دادگستری قلمداد می‌کنند . برای نمونه پرسنل راهنمایی و رانندگی را می توان نام برد که با وجود نیروی انتظامی قلمداد شدن و به تبع آن طبق بند اول ماده ۱۵ قانون آیین دادرسی دادگاه های عمومی و انقلاب در امور کیفری جزء ضابطین دادگستری محسوب می‌گردند عملاً در هنگام صدور دستور از ناحیه ی دادستان مبنی بر دستگیری یک مجرم فراری نظیر سارق با بیان آن که فقط ‌در مورد تخلفات راهنمایی و رانندگی انجام وظیفه می‌کنند از اجرای دستور استنکاف می نمایند . بدین ترتیب نیروی انتظامی در میان پرسنل خود ضابطان را مشخص نموده است نظیر پرسنل شاغل در کلانتری ها و آگاهی و در مقیاس کمتری در حفاظت اطلاعات نیروی انتظامی ، در این بین این محدودیت را حتی به درون این پرسنل نیز تعمیم داده است به گونه ای که حتی کل پرسنل کلانتری نیز وظیفه ی ضابطیت را به تمامی انجام نمی دهند .

‌در مورد مأمورین حفاظت و اطلاعات ناجا همواره بحث هایی در خصوص ضابط دادگستری محسوب گشتن و یا نبودن مطرح بوده است . در مجموعه نشست های قضایی نظرات زیر مطرح شده :

نظریه اکثریت : سازمان حفاظت اطلاعات ناجا مطابق قانون نیروی انتظامی ، سازمانی است مستقل که در کنار سازمان عقیدتی و سیاسی زیر نظر مستقیم رهبری انجام وظیفه می کند . مطابق قانون ناجا ، تمامی وظایفی را که سازمان حفاظت اطلاعات ارتش دارد این حفاظت نیز دارا می‌باشد پس با توجه به آن که اطلاق نیروی انتظامی به عنوان ضابط عام قوه قضائیه شامل سازمان حفاظت اطلاعات هم می شود و نیز با توجه ‌به این که در خصوص جرایم نیروهای مسلح وظیفه دارد که حتی در جرایم مشهود این نظامیان وارد شده و اقدامات لازم را انجام بدهد ، قوه قضائیه محسوب می شود .

نظریه اقلیت : سازمانی است مستقل از نیروی انتظامی و تصریحی بر ضابط بودن آن هم وجود ندارد.

نظریه کمیسیون : با توجه به ماده ۵ قانون ناجا مصوب ۶۹ سازمان حفاظت و اطلاعات ناجا سازمانی مستقل و متمرکز است که وظایف آن اجرای بند ۲۵ ماده ۴ قانون مذبور ( تلاش مداوم و مستمر در جهت حفظ و صیانت سازمان در زمینه‌های امنیتی ) می‌باشد . پس سازمان یاد شده از اطلاق بند « ۱ » ماده ۱۵ قانون آیین دادرسی دادگاه ی عمومی و انقلاب در امور کیفری مصوب ۱۳۷۸ خارج بوده و ضابط قوه قضائیه محسوب نمی شود مگر ‌در مورد جرایم امنیتی موضوع تبصره « ۱ » ماده ۵ قانون ناجا ناظر بر ماده ۱۶ قانون استخدامی ارتش که در محدوده وظایف و مأموریت های محوله قانونی با رعایت مقررات قانون آیین دادرسی دادگاه های عمومی و انقلاب در امور کیفری ضابط تلقی می‌گردد .(سازمان قضایی نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران،۱۳۸۵،۲۴)

با این توضیحات و در مجموع با اخذ این روش عملاً ناجا برخلاف وظیفه ی ذاتی خود و حکم قانون قدم بر می‌دارد ، در کنار آن اعطای اختیاراتی در عرض صلاحیت مراجع قضایی نیز باعث بروز مشکلات عدیده در انجام وظایف خصوصاًً در مرحله ی تحقیقات مقدماتی و اجرای حکم شده است لذا با تدوین مقرراتی کامل و جامع که صلابت دستگاه قضا و پرسنل وابسته به آن را در پی دارد ، در جهت اجرای صحیح عدالت قدم برداشته تا از تشتت آرای و عقاید مختلف در زمینه قضایی جلوگیری شود.

گفتار دوم -تعدد محاکم رسیدگی کننده به جرایم ضابطان دادگستری

نقش ضابطان دادگستری همواره بعد از وقوع جرم ظاهر می شود. در فاصله ی زمانی وقوع جرم و یا شروع به آن تا مرحله ی صدور حکم و اجرای کامل آن رابطه بین ضابطان دادگستری با مراجع قضایی برقرار می شود . ویژگی خاصی که در خصوص ارتکاب جرایم توسط ضابطین دادگستری به چشم می‌خورد آن است که مرتکب از نظر رابطه ی استخدامی عضویت نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران را دارا است و قانوناً نظامی محسوب می شود و از طرفی به تبع انجام و ظیفه در مقام ضابط دادگستری تحت امر مقام قضایی است . بنا به اصل یکصد و هفتاد و دوم قانون اساسی که بیان می‌دارد : برای رسیدگی به جرایم مربوطه به وظایف خاص نظامی یا انتظامی اعضای ارتش ، ژاندارمری ، شهربانی و سپاه پاسداران انقلاب اسلامی ، ضابط دادگستری مرتکب شوند در محاکم عمومی رسیدگی می شود .

تبصره ۲ ماده ۱ قانون دادرسی نیروهای مسلح مصوب ۱۳۶۴ : جرایمی که در مقام ضابط دادگستری مرتکب شده باشند در محاکم عمومی رسدیگی می شود .

به نظر می‌رسد اهداف مقنن از ارجاع رسیدگی به جرایم در مقام ضابط به دادگستری ، اطلاع قضات دادگستری از جرایم مأموران ضابط و دقت در ابلاغ دستورات بعدی به منظور جلوگیری از حوادث مشابه در آینده بوده است اما در عمل به دلیل حجم زیاد پرونده های ورودی به دادسراها و کاهش کیفیت رسیدگی و محدودیت ها برخورد با ضابطین در شهرهای کوچک توسط قضات ، عملاً این اهداف محقق نشده و این امر موجب تجری برخی از مأموران گردیده است .

جرایم عمومی ضابطان دادگستری که ماهیتاً نظامی محسوب نمی شوند و در حین انجام وظیفه ی ضابطیت به وقوع می پیوندد با توجه به قانون آیین دادرسی کیفری و قانون مجازات موارد زیر را شامل می شود :

۱ – مسئولیت ناشی از تخلف اجرای دستورات مقام قضایی به موجب مواد ۱۶ ، ۴۲ و ۲۸۴ قانن آیین دادرسی دادگاه های عمومی و انقلاب در امور کیفری که مقرر می‌دارد :

ماده ۱۶ : ضابطین دادگستری مکلفند دستورات مقام قضایی را اجرا کنند در صورت تخلف به سه ماه تا یک سال انفضال از خدمت دولت و یا از یک تا شش ماه حبس محکوم خواهند شد.

ماده ۴۲ : مقامات رسمی و ضابطین دادگستری موظفند دستورات دادرسان و قضات تحقیق را فوری به موقع اجرا گذاردند ، متخلف از این ماده به مجازات مقرر در قانون مجازات اسلامی محکوم خواهد شد .

ماده ۲۸۴ : کلیه ضابطین دادگستری و نیروهای انتظامی و رؤسای سازمان های دولتی و وابسته به دولت و یا مؤسسات عمومی در حدود وظایف خود مکلفند دستورات مراجع قضایی را در مقام اجرای احکام رعایت کنند . تخلف از مقررات این ماده علاوه بر تعقیب اداری و انتظامی مستوجب تعقیب کیفری برابر قانون مربوط می‌باشد .

از نظر کلی اجرای دستورات مقام صالح قضایی که به منظور احقاق حق ، فصل خصومت و کشف واقع صادر می شود یک اصل است و در مقابل عدم اجرای دستور نیازمند توجیه قانونی می‌باشد و مستنکف اجرای دستور باید علت و دلیل عدم اجرای آن را ارائه نماید و ارائه دلیل نیز موجب رفع مسئولیت کیفری نخواهد بود . نظم عمومی نیز ایجاب می کند که قواعد و مقررات آمره فوراً توسط مأمور اجرا شود چرا که بنا به مفاد ماده ی ۱۵ قانون آیین دادرسی کیفری ضابطین مأمورینی هستند که تحت نظارت و تعلیمات مقام قضایی در کشف جرم و جمع‌ آوری آثار و دلایل و ….. به موجب قانون اقدام می نمایند و این الزام قانونی تحت امر بودن نشان دهنده ی الزام آور بودن قوانین و مقررات مربوط به نظم عمومی و سلسه مراتب اداری است .